复旦大学与美国杜克大学合作伙伴关系的重要产出之一是在2012年10月建立了“全球卫生机构合作联盟”，并在上海举行了首次工作会议，形成了该联盟的“上海共识”。该联盟旨在通过中国高校及研究机构与发达国家和中低收入国家学术机构之间的三方合作，来促进亚洲和非洲中低收入国家的健康相关研究和培训能力，从而为这些国家健康状况的改善作贡献。

2014年11月21日-22日，“第三届全球卫生机构合作联盟”工作会议在昆山市召开。会议由昆山杜克大学、复旦大学（全球健康研究所）、杜克大学全球健康研究所联合举办，昆山杜克大学承办。参加本次会议的联盟机构新增8家，成员总数由开始的15家增加到现在的24家学术机构。本次会议共有来自老挝、马拉维、荷兰、巴基斯坦、秘鲁、斯里兰卡、坦桑尼亚、越南、荷兰、美国和中国等国家的18家学术机构近50位专家和学者参加。会议在昆山杜克大学全球卫生研究中心主任汤胜蓝教授的主持下开幕，三家主办单位的领导分别致辞祝贺会议的召开。复旦大学上海医学院院长办公室包江波主任代表上海医学院致辞，并祝愿此次会议取得圆满成功。

本次会议回顾了机构联盟建立以来新开展的合作项目及合作过程中的经验和问题，随后分组研讨了进一步开展与全球健康相关的科学研究和教育培训的联盟共识和后续合作活动，最后就以下四方面形成了初步共识。（1）建立三方合作机制，寻求中国与发达国家和中低收入国家开展三方合作的研究与培训，共同应对包括中国在内的发展中国家及其卫生机构面临的全球健康挑战；（2）就联盟成员共同感兴趣的全球健康问题开展合作研究，寻找并分享资源与信息；（3）增强教育与培训中的合力，通过师资能力建设和学生实践活动中的交流与合作，来提高全球健康相关的教育和培训质量；（4）建立一个专门的秘书组，以确保联盟活动开展的效率和联盟合作的可持续性。会议在三家主办单位分别所做的总结和致谢后圆满落幕。